Në biologji, për të përshkruar një organizëm të veçantë, i cili i përket mbretërive të kafshëve, kërpudhave ose bimëve, është zhvilluar nomenklatura e tij. Ajo pasqyron përkatësinë e një specie, në varësi të karakteristikave të morfologjisë dhe pamjes. Për kafshët zbatohen kriteret për t'iu referuar një specie, në varësi të aftësisë për të prodhuar pasardhës pjellor gjatë fekondimit. Megjithatë, këto modele zbatohen vetëm për këta organizma, ndërsa mikrobet nuk mund të klasifikohen në këtë mënyrë.
Koncepti i tendosjes në mikrobiologji
Për shkak të pranisë së një numri të madh organizmash që kanë veti morfologjike, por veçori të ndryshme biokimike dhe imunologjike, është e pamundur të zbatohet nomenklatura standarde për emërtimin. Si rezultat, u prezantua një koncept i tillë si tendosje. Kjo është një kulturë e pastër mikrobesh që është izoluar dhe izoluar në një vend të caktuar në një orë të caktuar.
Çdo mikrob që i përket një lloji është i ngjashëm me një tjetër përfaqësues të tillë për sa i përket kritereve biokimike, morfologjike, imunologjike dhe gjenetike. Por brenda të njëjtës specie bakteriale, një analogji e tillë nuk vërehet. Prandaj, një lloj është një emër më fleksibël për një kulturë mikrobike. Sepse shpejtshkëmbimi i materialit gjenetik (mutacioni) çon në shfaqjen e organizmave të rinj brenda një specieje, por me veti të ndryshme, është ky përkufizim që na lejon të karakterizojmë më saktë faktorët e patogjenitetit dhe virulencës.
Stame bakteriale
Nomenklatura ekzistuese e baktereve bën të mundur klasifikimin e llojeve të organizmave, por nuk karakterizon vetitë e tyre të reja. Këto të fundit shfaqen si pasojë e mutacionit të shpejtë, duke përvetësuar veti të reja, përfshirë ato patogjene për njeriun, kafshët e fermave dhe bimët, si dhe mikrobe të tjera. Një shembull i nomenklaturës duke përdorur shembullin e Escherichia coli duket kështu: mbretëria - bakteret, lloji - Proteobacteria, klasa e gama-proteobaktereve, rendi - Enterobacteriale, familja e Enterobaktereve. Gjinia është Escherichia dhe specia është Escherichia colli. Megjithatë, ka shumë kultura të baktereve të species Escherichia colli, që tregojnë veti të ndryshme. Ato janë të izoluara në lloje të veçanta bakteresh dhe kanë një emër shtesë. Për shembull, Escherichia colli O157:H7.
Vetë
E. coli është i pranishëm në zorrën e njeriut dhe nuk shkakton sëmundje, por shtami O157:H7 është ekskluzivisht patogjen për shkak të pranisë së një numri të madh faktorësh virulence. Ajo ka përjetuar një epidemi të sëmundjeve enterotoksigjene në 5 vitet e fundit.
Stamet e virusit
Koncepti i një lloji është një emër fleksibël për organizmat me të njëjtat veti që u izoluan, dhe më pas u identifikuan dhe u përshkruan në një zonë të caktuar në një kohë të caktuar. Me rrjedhën e tij, virusi mund të fitojë veti të reja për shkak të antigjenitdrift. Kjo do të krijojë një lloj të ri viral, ndoshta më patogjen se prindi i tij.
Mund të tregoni qartë shfaqjen e shtameve të reja duke përdorur shembullin e virusit të gripit. I përket familjes së Orthomyxoviruseve dhe emërtohet në varësi të antigjeneve (hemaglutininave dhe neuraminidazës) HxNy. X dhe Y janë vlera numerike që pasqyrojnë praninë e antigjeneve. Një shembull është H5N1, i njohur për epideminë e fundit të gripit të derrit me pneumoni hemorragjike me progresion të shpejtë. Sipas teorisë, një lloj i ri dhe më i rrezikshëm mund të zhvillohet nga ky lloj për shkak të të njëjtit zhvendosje antigjenike.
Sfije mykotike dhe shtame protiste
Myqet janë më pak variabël nga të gjithë mikrobet, megjithëse biokimia e tyre është gjithashtu komplekse. Për shkak të një strukture më komplekse se bakteret dhe viruset, si dhe për shkak të mungesës së mekanizmave për transferimin e shpejtë të gjeneve, numri i shtameve të reja të kërpudhave rritet paksa. Ekziston gjithashtu një mendim se çdo lloj kërpudhash i zbuluar rishtazi është një organizëm para-ekzistues që thjesht nuk e gjetën studiuesit.
Një situatë e ngjashme ekziston në mbretërinë e protistëve. Aftësia e tyre për të mutuar është e ulët, kështu që gjasat që shtamet e reja të shfaqen shpejt janë jashtëzakonisht të vogla. Megjithatë, variante të reja të organizmave të së njëjtës specie shfaqen ende. Prandaj, me sa duket, edhe ato kanë ekzistuar më herët, por nuk janë zbuluar.
